药师寺是在法隆寺建成几十年后在680年建造的。仅存的最初建筑为优雅的东塔，而西塔和正殿则是新近重新修建的，为了尽可能地忠实原建筑，仍然涂成与原来一样的朱砂色、白色和绿色。药师寺几乎囊括了许多当时最好和最著名的工艺，特别是药师三人行的雕像--东方极乐世界的君主和他的两个侍从。