水城位于市区西北丹崖山东侧。宋庆历二年（1042）于此建停泊战船的刀鱼寨。明洪武九年（1376）在原“刀鱼寨”的基础上修筑水城，总面积27万平方米，南宽北窄，呈不规则长方形。它负山控海，形势险峻，其水门、防浪堤、平浪台、码头、灯塔、城墙、敌台、炮台、护城河等海港建筑和防御性建筑保存完好，是国内现存最完整的古代水军基地。1982年，水城与蓬莱阁一同被同务院公布为全国重点文物保护单位。

水师府位于振扬门北侧，为中轴对称二进式仿古建筑，坐北朝南分布，占地3220平方米，建筑面积1100平方米。大门南向，正对振扬门，东西两侧分别建有四柱斗拱飞檐碑亭，亭内分别立“忠”、“孝”字碑，二字相向，碑皆高3米，宽1米，碑背分别镌刻戚继光生平和戚景通（继光父）生产。

水师府为二进式院落，每进有正厅和东西厢房各一，且有回廊相联结。正厅、厢房皆单檐，琉璃瓦覆面，脊置六兽，皆有前明廊连于回廊。正厅屋面开山，厢房屋面歇山，现辟为戚继光纪念馆。