侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆址在南京城西当年日军大屠杀地之一江东门“万人坑”遗址及尸骨丛葬地之上，刻着“1937.12.13-1938.1”一行黑色大字，标明了日军南京大屠杀的时间，悼念广场有“警世钟亭”、“兴华宝鼎”、“《狂雪》诗碑”，有“历史的桥梁”、“残破城墙”和“断裂的军刀”3组建筑，以及“遇难者头颅”、“断臂”两组雕塑和长明火等主体设施。迎面石壁上刻着“遇难者300000”的黑色大字。

院内散置着13块记载着13处大屠杀主要遗址史实的石碑。遇难同胞遗骨陈列室呈棺椁形，陈列着由该处挖掘出的部分遇难同胞遗骨。旁边竖立着母亲像雕塑和刻有3000个遇难者名单的“遇难者名单墙”。

纪念馆的大型墓室史料陈列厅里陈列着“侵华日军南京大屠杀暴行”专题史料，共展出400多幅日军现场屠杀照片、60多件实物和数十件档案资料等。