祖印禅寺规模宏大，历史悠久，是舟山市重点文物保护单位。寺院地处定海城区中心，占地5125平方米，中轴线上有山门、天王殿、大雄宝殿、后大殿，左有鼓楼、厢房、斋堂等，右有厢房、钟楼。大雄宝殿7间，通面阔29.6米，通进深19米。重檐歇山顶。明间抬梁，左右次、梢、尽穿斗结构。上檐斗拱九踩。1986年重修，又可增加千余平方米的面积。

据史志记载：祖印禅寺旧名蓬莱院，原址在蓬莱乡朐山(现岱山县衢山岛)，初创于后晋天福五年(公元940年)，宋治平三年，朝廷御赐“祖印”额，其名一直沿袭至今。南宋嘉熙年间，昌国县令将祖印寺迁至治所东南，与普陀山接待寺合并为一，成为昌国县城主要的佛事场所，成为去普陀山朝圣僧俗之众的必经转驻之地。元至元十六年，高僧一山一宁开法祖印寺，二十六年移住普陀山。后有高僧密庵咸杰禅师主持本寺，弘传佛法，声誉鹊起。明后屡有毁建。清初闭关海禁。岛民内迁，城垣尽毁，寺院大雄宝殿四周片瓦寸椽无存，惟此巍然不动，时人传为神异。康熙间，定海总镇兵蓝理增建祖印，同治间，云岫法师又募资重建。宣统元年，工商巨子、邑人朱葆三集资重修，购置进口铁杪木为主要木料，现有建筑中天王殿、大雄宝殿、后大殿、钟楼以及东厢房等均为当时所建。

祖印禅寺自1994年被批准为开放寺院起，化通法师从宁波阿育王寺来本寺主持，经过整整四年，殿宇佛像从无到有，塑像庄严巍峨，栩栩如生，寺院建设发展较快。如今，祖印寺在“庄严国土，利乐有情”的宗旨倡导下，又法炬复燃，正道是“市尘钟鼓重振佛国海山，伽蓝梵呗永传佛祖心印。”