干隆三十二年笨港街兴建保生大帝，嘉庆年间被水冲毁，嘉庆九年信徒另建新 庙，光绪三十、三十二年连年大地震、废宇倾坏，数次重修，至今之庙貌。

本宫后殿光绪十三年曾充为笨港县丞署办公处所一间。

庙址经编定为道路预定地，左、右后方编定为商业、住宅区。(经新港乡八十四年八月十六日都市计画第三次通盘检讨时，已建请将基地变更为 古迹保存区予以保存)