本宫建庙沿革，溯自康熙三十三年（公元一六九四年），僧树璧自湄洲祖庙朝天阁奉请妈祖神尊来台，登陆笨港北岸（现宫址），神旨欲永驻之以保佑境民，时泉漳移民聚集，见僧人奉故乡神像莅港，一本故乡虔诚奉神之心，遂草建小祠奉祀，并敦请僧树璧主持祀事，迄于康熙三十九年（公元一七○○年），信士陈立勋敬献庙地，募集外九庄居民与策港绅商筹款，以瓦易茅。号「天妃庙」，参拜信众益增，香火鼎盛。至雍正八年（公元一七三○年）醵工重建，渐具规模，易名「笨港天后宫」；干隆十六年（公元一七五一年）因丹青剥落，再予重修，至此观瞻，焕然一新，三十六年（公元一七七一年）笨港县丞薛肇熿以故制觕朴平常，不足以昭妥灵，率先捐俸重建，特命贡生陈瑞玉、监生蔡大成诸人，募捐巨款，于干隆三十八年开工，越二年工程始定，共分佛殿两栋，正殿奉祀妈祖，后殿尊祀观音菩萨，东室六栋辟为僧室。

道光年间，为纪念妈祖奉自祖庙朝天阁，故改宫号为「朝天宫」，具思源之意义，复以神灵于嘉庆年间，助子爵太子太保王得禄平定海寇蔡牵有功，礼部奉准钦差官候补道王朝纶（得禄后裔）?御书诏诰，加封「护国庇民妙灵昭应宏仁普济福佑群生诚感威孚显神赞顺垂慈笃佑安澜利运泽覃海宇天后」；咸丰四年（公元一八五四年）世袭子爵特授江安十郡储粮道王朝纶，返台劝运米石，与台湾训导蔡如璋、贡生蔡庆宗、许鸿书、廪生洪时配等，共议扩建，遂成宫殿式建构，前为拜亭及东西二室，二进祀天后，三进奉观音菩萨，东三官大帝，西五文昌帝君，四进祀圣父母，东厢注生娘娘殿，西厢福德正神殿。

迨至光绪三十二年（公元一九○六年）因部份宫构破损，经北港区长蔡然标与曾席珍、蔡培东等绅商倡募重建，自光绪三十四年迄民国元年，工程历时四年始成，全台共三万余人共襄盛举，堂皇庙观，于焉屹立。一九五九年因屡遭风雨剥蚀，金饰或有脱落，梁栋亦趋腐朽，经管理委员会议定重修，遂改修正殿屋顶，至一九六三年始竣，是年十一月，复鸠工修茸三门屋顶，经二年抵定，庙构益显庄严华丽，观瞻之富，规模之大，堪为台湾首善，参旨信众终年络绎不断逾四百万众，已成为台湾妈祖信仰中心。