座落在青浦区崧泽广场的青浦博物馆建筑面积约8800平方米，由著名建筑设计大师邢同和设计。建筑主体为五个相交的椭圆体，并采用了先进的建筑装饰材料，玲珑通透，熠熠生辉，其外形犹如一只展翅欲飞的蝴蝶，寓意整个青浦的地形风貌。

整座大楼因五个椭圆而分为五个主要区域。中间部分为大堂，以8米高的大型石材浅浮雕《青龙赋》为主题背景，庄重而典雅，是为观众提供服务和休息的公共场地。

东、南两翼是陈列区域，陈列面积达3100平方米，陈列展出了1200余件青浦文物精品。新馆打破了传统的文物陈列模式，以现代博物馆传播学的新理念为宗旨，采用声、光、电等高科技手段，将文物陈列与场景复原、精美资料图片、多媒体辅助等手段相结合，使观众能够轻松、明了、愉快地认知青浦历史，解读古代上海。

“上海远古文明之源”是南翼展示主题。这里从上海成陆开始，通过介绍青浦崧泽和福泉山等古文化遗址出土的精美文物，讲述了古代上海从马家浜、崧泽、良渚、马桥文化到春秋两汉那悠远而多彩的历史，告诉观众青浦是上海古文明的发源地。

“申城水文化之魅”为东翼的展示主题。观众通过“沧海桑田”来了解历史上青浦的水系变迁、建置沿革。青龙镇港湾实景复原区启示恢弘，再现了宋代海外贸易港口青龙镇的市井风情和繁华景象。“桥文化”、“水乡风情”等板块则通过介绍明清时期青浦的民风、民俗，展示了水乡动人的风情、旖旎的风光。“人杰地灵”让观众领略到青浦自古钟灵毓秀，人才辈出。

西、北两翼共3600平方米，分别为办公、接待及临时展览区域。