万木草堂原为邱氏书院，为三间三进、两天井、硬山顶的青砖祠堂式建筑，面积663平方米。中法战争后，康有为为了推行其维新变法主张，于1891年在此设万木草堂，聚徒讲学，宣传改良主义思想，开展政治活动。

1983年8月广州市人民政府公布为重点文物保护单位。