圣方济各小堂建于一九三八年,其设计以澳门主要教堂的巴罗克式为主。圣堂外墙以奶白色为主,还有椭圆形的窗户及钟楼。

在圣堂的前面还建有於一九一零年战胜海盗的纪念碑,而且在教堂内仍然存放著一些亚洲最神圣的遗物,在一个银制圣骨匣里存放著圣方济各的臂骨,圣人在日本传教后,打算进入中国,他於一五五二年在距离澳门七十公里的上川岛逝世。

教徒于日本被迫害期间,二十六名天主教外籍及日藉神父于一五九七年在长崎被钉十字架殉道而数以百计的日本教徒於一六三七年"SHIMABARA"革命中被杀害,

还有一些殉教者的骸骨被带往澳门存放在圣保禄教堂,但因一次大火将整座圣保禄大教堂焚毁,所以,这批骸骨 就转送大堂存放,直至一九七四年,再迁移到圣方济各圣堂安放。