瓜拿巴拉宫在1853年由富商约瑟马夏多古埃柳兴建，旨在瓜拿巴拉路兴建最漂亮的一栋豪宅。富商在那里住了12年，然后才卖给帝国政府。在帝国政府的管理下，该栋豪宅变成伊莎蓓尔公主和其夫婿叶吾伯爵的府邸，而改称为“伊莎蓓尔宫”。1888年，伊莎蓓尔公主也是在那里签署解放黑奴的“黄金令”。

1889年，巴西宣布成立共和国后，王室被赶出瓜拿巴拉宫，叶梅斯丰谢卡元帅的家庭迁入，但到了1926年，瓜拿巴拉宫才正式变成共和国总统官邸。第一位住进去的总统是华盛顿刘易斯，之后杰杜柳华卡斯、约瑟力亚雷斯和叶梧力哥杜德拉等总统.