密印寺俗称头陀寺，始建于后汉乾佑间(948—950)。密印寺山门外为莲池，入门为天王殿，前殿为祖堂，中殿为大雄宝殿，东、西为大小禅房、客舍，后为法堂、方丈阁、延寿堂、藏经楼，最后为“忘山阁”，前殿之左建有“心印楼”。寺左山麓原建有钟，楼。建筑面积达6000多平方米。

据《重建头陀密智禅寺碑记》等记载，唐高僧永嘉大师(或称宿觉、元觉、真觉大师)先实栖迟于此。明林增志青年时，亦在此读书，林为瑞安人，崇祯进士，后仕官少詹事，明末，随唐王赴闽，官至礼部尚书，明亡后，回到温州匿名隐居该寺，削发为僧，首力兴复禅寺。历时四载，于顺治8年(1651年)冬落成，寺宇规制伟然，与浙江北部的双经、天童、雪窦等诸大佛寺差不多雄伟。

密印寺在1982年被公布为温州市级文物重点保护单位。历年来，数次进行大规模的维修。