马家浜文化遗址在距嘉兴市区7.5公里的南湖区南街道马家浜村，于1959年春发现，当时由省文物管理委员会、省博物馆等6个单位组成考古队进行发掘，1977年11月在南京召开的长江下游新石器时代学术讨论会上确认以马家浜遗址为代表的马家浜文化是长江下游、太湖流域新石器时代早期文化代表，并正式定名。

东西长150米、南北宽100米、占地面积15000平方米的遗址分上下二层，上文化层以灰黑色粘土为主，并有红烧土层和淤泥层，厚达12—80厘米。发掘出兽骨、石锛、砺石、骨镞和各种陶片等。下文化层15—75厘米，为黑色粘土，发掘表明兽骨比上文化层更多，有骨镞、骨锥、骨针、骨凿以及石斧、砺石等。在两层之间淤泥中还出土了30具人骨架，并有部分随葬品，包括生产工具、饰品等。在发掘中还发现了长文形房屋遗址，南北7米，东西3米，残存木柱等。值得一提的是在下文化层中还发现了碳化无角菱。

马家浜文化遗址上承余姚河姆渡文化，下启崧泽文化和良渚文化。它的发现，引起了国内外考古界的重视，认为这证明了长江流域和黄河流域同是中华民族文化起源的摇篮。此后在嘉兴地区还发掘出如“罗家角遗址”等十多个马家浜文化遗址，并再次引起了中外学者的关注。马家浜文化已载入《大不列颠百科全书》和1990年出版的《中国大百科全书·考古卷》，确定了它在史前文化考古中的地位。

马家浜文化遗址1989年12月公布为省级重点文物保护单位。