1986年4月23日，杭州市人民政府公布为市级文物保护单位。

1989年12月，浙江省人民政府公布为省级文物单位。

2001年6月，南宋皇城遗址被国务院正式列为国家级文物保护单位。

南宋皇城遗址原为隋唐时期州治、五代吴越国（907-978）的王室所在地和北宋杭州州治。南宋建炎三年（1129）宋高宗赵构君臣一行，南渡抵达杭州，以此为行宫。绍兴八年（1138），正式定都为临安（今杭州）后，以行宫为基础，经过近二十年的建设至绍兴二十八年，皇城初具规模。宋孝宗以后的诸位皇帝在一百多年中，不断扩建与修葺，南宋皇城最终的规模和汴京大内相仿。南宋皇城东起凤山路，西至凤凰山麓，南抵笤帚湾，北达万松岭，方圆9里。宫城后苑，林木葱郁，怪石夹列，四时花木各题雅名。供皇帝四季游乐的亭台楼阁，有春天醉卧的钟美堂、夏季避暑的翠寒堂、中秋赏月的依桂阁、冬天观雪的明远楼。苑内还有叠石如飞来峰，甃（zhòu）池似小西湖。

德祐二年（1276），元兵进占杭州，元将伯颜掳走了宫内所有人员和器物。自此人去宫空。元至元二十四年（1287），民间失火，殃及皇城，宫内建筑焚毁过半。嗣后，改垂拱殿为报国寺，改后殿为小仙林寺，改福宁殿为尊胜寺，改芙蓉阁为兴元寺、改和宁门为般若寺。至正十八年（1358），重修杭州城垣，将南宋皇城截于城外。元末诸寺相继圮毁，皇城渐成一片荒丘。今凤凰山摩崖上，尚存“忠实”二字石刻，相传为宋高宗赵构所书；“凤山”二字石刻，是孝宗淳熙十四年（1187）洛人王大通的题字。