色喀古陀寺，在山南地区之洛扎县境内，位于县驻地以南、色乡附近，距县城50公里。

色喀古陀寺，亦称“塞卡尔古陀寺”、“色喀谷托”、“桑嘎古托”等。由藏传佛教噶举派的祖师玛尔巴（1012～1097）的著名弟子米拉日巴于1077～1084年间修建。米拉日巴在西藏宗教历史人物中是一个传奇式的重要人物。米拉日巴（1040～1123）生于后藏的贡塘（今吉隆县以北靠近阿里的地方），青年时代为报家仇，学了咒术，并以咒术咒杀了35人之多，而且还降下冰雹将全村庄稼毁坏。他为自己造下的恶业而悔恨，决心放弃苯教的修炼，改信了佛教，并向宁玛派的一位上师学习大圆满法，没有学到精妙之处，于是在38岁时又投入到玛尔巴门下学了六年零八个月。起初玛尔巴为了消除他的罪业，不传任何密法，并用种种方法“折磨”他，在各种繁重的苦役中他毫无怨言地忍受种种痛苦，“罪障”消除后，玛尔巴大师才给他传法，获得了殊胜成就。后又来到阿里隐迹山岩间修行了九年，获得风息自在功能。从上他下山云游，以道歌形形式宣扬教义，著有《道情歌集》行世。广收门徒，著名的弟子有热琼巴（1083～1161）和塔布拉杰（1079～1153）等。

色喀古陀寺就是米拉日巴处学法时修建的。据《米拉日巴传》记载：玛尔巴先让他在东方的山头修建一座圆表的房子，当修到一半时，玛尔巴叫他拆毁，把土、石运回原处。拆毁以后，玛尔巴又叫他在西蚊山嘴修建一座半圆形的房子，当米拉山巴遵命修到一半时，玛尔巴又命他拆除，还是将土、石运回原处。接着，米拉日又遵命在北方山头修建三角形的房屋，但修到三分之一时，仍然奉命拆毁了。最后玛尔巴命米拉日巴在玛尔巴父系亲族的公共地上修建一座“灰色的房子”，九层上面还加一层库房，共有十层。当修到七层的时候，曾遭到玛尔巴族人的反对。由于玛尔巴神变的威力，房屋未被其族人拆毁，仅修到九层。而后米拉日巴又费了不少力气为玛尔巴修建了一个十二柱的露台和一个暖室。西藏的绘画多在方形建筑的旁边画有圆形、半圆形和三角形，这正是代表色喀古陀寺的修建过程。

色喀古陀寺始建于11世纪，中间几经扩建，才逐步表成现在的规模。现存七层，石墙到顶，四开窗，内有楼梯上下相通，建筑风格独特。除了四方九层宫外，还有11个佛殿、两层楼的僧舍和院落，主供释迦牟尼镀金铜像和玛尔巴、米拉日巴的泥塑像、噶举佛塔等；寺中还有大量关于噶举派事迹的壁画，据说有的就是玛尔巴译师的手笔，尤其难得的是该寺还珍藏着大量吐蕃时期手抄本的藏文佛教经典。