赛菊巴寺，在日喀则地区萨迦县境内，位于县驻地以东、赛·藏节曲河（夏布曲河上游）北岸。寺庙坐落在大日山南麓的山坳里，三面环山，西南距帕度村800米。

赛菊巴寺亦称“藏堆赛菊巴甘丹颇章”。始建于15世纪中叶，由宗喀巴大师八亲教弟子之一的吉·吉饶僧格建造。吉·喜饶僧格（1382～1445）生于后藏地方，自幼剃度出家，除依宗喀巴学习佛法外，曾拜贾曹杰（1364～1432）为师研修密宗经典。1419年，绛钦却杰向宗喀巴提出修建专门学习密宗经典的寺院的建议，宗喀巴表示赞同，并询问诸弟子谁愿承担此项任务，大师连问三次后，吉·喜饶僧格承诺愿意承担。奉师命他与第一世达赖根敦珠巴（1391～1474）去后藏建寺，决心弘传密法。当时有律师罗朱柏巴来从他二人听闻显密教法，其他善贤弟子亦从喜饶僧格学密法，依根敦珠巴学显教，罗朱柏巴为副讲，讲听之风盛极一时。喜饶僧格先在萨迦赛地方创建赛菊巴寺，为格鲁派修建传授密宗寺院的开端。该寺建好后，他将寺庙交给弟子德朗巴·班丹桑布管理，又在甘丹寺修建一座密院，后返回堆龙德庆在“曲敏龙”地方又修建一座密院，这座密院连同后藏的密院一起称为上、下密院。吉·吉饶僧格也因修建发展密宗寺院而名声大噪。

赛菊巴寺建立后，实行“赤巴”（意即“法台”或“座主”）管理制，第一任至第十三任赤巴（即：吉·吉饶僧格、德朗巴·班丹桑布、根堆培、哲西帕巴、班钦·桑杰嘉措、贡觉嘉措、贡觉央培、甲央谢巴）圆寂后，由拉萨下密院向该寺委派赤巴，任期三年，直至1959年。

赛菊巴寺占地面积12000平方米。主要由大殿、甘丹颇章、僧舍等组成。寺庙远离村舍，古树成荫、环境幽雅，是潜心修法的好场所。

大殿：由第七任赤巴·多吉桑布（生卒年不详）创建。南向，高三层。第一层由前廊、经堂、佛殿三部分组成。前廊面积2柱，廊前彩绘四大天王。经堂面积16柱（4×4排列），面阔5间进深5间，主供宗喀巴合金等身像，两侧供奉吉·吉饶僧格（寺庙创始人）、德朗巴·班丹桑布（生卒年不详）、根堆培（对密宗颇有建树）、哲西帕巴（生卒年不详）、班钦、桑珠嘉措（生卒年不详）、尊珠帕巴（生卒年不详）、多吉桑布（生卒年不详）泥塑等身像及密集金刚、胜乐金刚、能怖金刚鎏金铜像；左右侧贴墙置经书架，供放印刷版《甘珠尔》一套、金汁书写的《般若经》一套；壁画为十六罗汉及护法神内容。佛殿面积2长柱，上前方辟木格亮窗，殿内主供释迦牟尼佛及八大随佛弟子（即：舍利弗、目犍连、须菩提、优婆离、阿那律、富楼那、迦旃延、罗睺罗）泥塑像，高2.7米。

大殿第一层东侧为护法神殿，西向2间，主供能怖金刚及六臂依怙、吉祥天女、财神等泥塑像，高2.5米；殿内悬挂刀、枪、剑、弓、箭、盔甲等兵器。

大殿第二层西侧为强巴佛殿，东向，面积4柱，主供强巴佛鎏金铜像，高2.5米，左右供奉宗喀巴师徒三尊、十一面观音、吉·喜饶僧格鎏金铜像，高约2.5米；南、北侧经书架上供放《甘珠尔》、《丹珠尔》及宗喀巴大师的著作。第二层前廊上为热色钦姆，北向，供有能怖金刚、胜乐金刚、密集金刚合金质像，高约0.5米，供有第十任赤巴贡觉央培（享年83岁）银质灵塔，高0.6米；珍藏有用金汁书写的《般若经》六套，尤为珍贵。

甘丹颇章；即拉章，为该寺最早的建筑。位于大殿北侧，南向，高四层，层面积4柱。第一层为库房；第二、三层为历任赤巴卧室；第四层设有佛殿，殿内主供马头金刚、密集金刚、胜乐金刚泥塑像，高0.5米；供有宗喀巴鎏金铜像，高2.5米，还有宗喀巴赐的“勒欣”（经书套）被奉为寺宝，供放其中。

珠布曲泉水：位于寺庙南侧。水从一石缝内涓涓外流，清澈见底，原为噶厦政府研制藏药“陆君日布”的专用水，此水毒性很大。相传吉·吉饶僧格在此静修坐禅至大圆满时，从石缝内涌出药泉水，后被僧俗信徒视为镶灾除病之圣水，至今仍有远道而来的香客在此取水或沐浴治病。

赛菊巴寺在民主改革前有溪卡3个，即旺丹格多、俄布、大热溪卡，土地300多亩、喇嘛85人，现僧侣定员8人。“文革”中寺庙被毁。1987年国家拨款开始修建，新建大殿1座，高二层，面积54.6平方米（面阔6米，进深9.1米），有方柱6根，已能进行正常的佛事活动。