位于丁青县觉恩乡境内的孜珠山上，离县城约37公里。据说孜珠寺的历史最早可追溯到二三千年以前。孜珠寺是苯教著名高僧罗邓宁波·仁增康珠于14世纪中期再度兴建和恢复的。

“孜珠"藏语意为“六顶山”。这里异峰突起，挺拔险峻，怪石嶙峋，禅洞叠叠，有82个澄澈的泉源。由于历史的原因，孜珠寺是苯教著名高僧罗邓宁可和仁僧康珠于十四世纪中期再度兴建和恢复的。苯教这个曾经一度掌握过西藏政教大权的原始宗教，后来不得不让位于佛教，而到边远偏僻的地方隐藏起来，以保存自己的势力。这使琼波丁青的三十九族地区成为苯教寺庙和教徒最多、影响最大的地区。而孜珠寺是康区一带现存规模最大、教徒最多、苯教仪轨保存最完整的寺庙之一。

孜珠寺的苯教禅院可系统地讲述苯教经典、传授包括神秘而古老的苯教无上瑜珈等各种修习方法。该寺还存有一种古老的苯教裸体神舞。据了解，这种裸体跳神的形式，在整个西藏能恢复的只有孜珠寺。孜珠寺内还珍藏着无数珍贵的稀有佛像，康熙帝御赐给当时孜珠寺喇嘛桑吉林巴的在名御书保存至今。