马山位于即墨城西约7公里，由4个相连的山包组成，形如马鞍，故又称“马鞍山”，最高峰海拔211米。山上盛产安山玢岩，多为灰绿、灰褐色，为约1亿年前岩浆涌出地表冷凝而成。山之西南部呈现四方柱状节理，株体截面直径约1米左右，高约30余米，笔直挺拔，排列紧密，恰似一片密林，蔚为壮观，故名“马山石林”。柱状节理石林多发育于玄武岩中，一般呈六棱或五棱柱状，而马山石林发育于安山岩中，且呈四方形，在地质学中较为罕见。

马山一带地质藏有丰富的木化石，学名“硅化木”，直径数十厘米不等，高者10余米，其形状、纹理与树木无异。马山地区木化石数量、规模均为国内罕见，最著名的是1983年发现的一块重约2吨、长6米、粗端直经70厘米、细端60厘米的南洋杉木化石，属白垩世纪，为中国发现的木化石中的一个新种类。该化石树干整体有横断纹理，断为12段，纹理明显，年轮清晰，具有重要的科研和观赏价值。慕名观光游客络绎不绝。

马山古为宗教圣地，山前明朝光宗皇帝赐号“慧觉禅师”刘仙姑为第一代主持的白云庵现已修复，山上玉皇殿正在重修，山后曾有无成殿、圣母殿、雷神殿等寺庙。马山民间故事、传说颇多。

1993年马山被山东省政府批准为省级地质遗迹自然保护区，翌年被国务院批准为国家级自然保护区。