慈云禅寺创建于宋咸淳（公元1265-1274年）年间。明正统中（1436-1449年）重建，旧名广济寺。明顺年间（1457-1464年）赐今额。中有浮屠五级，相传三国赤乌13年（250年）初建，明万历五年（1577年）寺与塔均重建。自明万历至汪康熙、乾隆、道光历朝多次增建殿宇堂轩，成为吴江市（县）内规模较大的佛教寺院，历代高僧辈出，明有道泽、慈林，清有净眼、超伟法师及断手誓修天王殿的化主天衣僧。古刹名寺历来文人游踪不绝，留下诗篇甚多。清金圣叹留别诗：“震泽多精舍，慈云师子林。家私唯古佛，眷属总玄心。后汉人何在？微言乃至今，相逢随欲别，舍此更何寻？”

清咸丰十年（1860年）寺毁于兵燹，唯塔独存。民国十三年（1924年）信女徐毕氏捐银八千，重建大殿三楹。十七年又修慈云塔，为震泽八景之一“慈云夕照”。塔左有纪念大禹治水的拱形石桥，与塔互成呼应，构成水乡古镇特有的自然景观。慈云寺塔为江苏省文物保护单位。慈云禅寺于60年代末，佛地蚕蚀经受历史风云，毁寺扩厂，面目全非。