总兵府署居深澳城正中。明万历四年（1576年）由副总兵晏继芳建，座南朝北，为明、清副总兵和总兵驻地。从明万历四年至清宣统三年（1911年）先后有173位副总兵、总兵莅任，统辖粤东、闽南兼台澎海防事务。现在原总兵府旧址建成了全国第一座海防史陈列馆，并已动工对总兵府进行修复。

在总兵府前，有两棵榕树，左边一棵为“郑成功招兵树”。1664年民族英雄郑成功在该树下张榜招兵收复台湾，时至今日，古榕历400多年仍苍劲挺拔，枝繁叶茂，树高20米，主干环围13.5米，树冠直径30多米，基部盘根错节，崎岖凹凸，扁平处如战舰乘风破浪，起突处又象稳立于地面的指挥亭，令观者拍手叫绝。

同时，总兵府内收集有明、清名人的墨宝碑刻，其中最为珍贵的是港约、税务碑刻，并有鸦片战争期间制造用于抗英的八千斤和六千斤大炮两座。