五指石属南亚热带向中亚热带过渡的季风性湿润气候区，适应于多种植物生长繁育。

据中国科学院和广东省有关专家考察鉴定，五指石风景区现有各类植物七十科一千多种。有枫、荷、樟、桦、檀、藤、棕榈、竹等原生林木，有三尖杉、红豆杉、深山含笑等珍稀树种。有9种受国家或省级保护的珍稀濒危植物，其中属国家一级保护的有桫椤；国家二级保护的有观光木和野茶树；国家三级保护的有白桂木、吊皮锥、巴戟和红椿；属省级保护的有三尖杉和秀丽锥。

五指石风景区内藤类植物繁多奇特，有的呈半弧形，状如秋千；有的倚悬壁直攀崖顶；有的则如蟒蛇，攀附于古木之上。

景区内的奇树堪称一绝：有傍石而生、根系粗壮发达的“壁上树”；有直径达1.5米的参天古枫；有树上生树的“合生树”等，全都姿态各异，趣象万千。
五指石的野生动物有几十种，如野猪、刺猬、山羊、水獭、穿山甲、野兔、山鹿、松鼠、竹鼠、蟒蛇、眼镜蛇、石蛙和龟、鳖等。此外，距五指石林核心区约2公里的地方，有一条谷沟，人称“蝴蝶谷”。这条谷沟灌丛郁葱，藤树相绕，野草遍地，每年的11－12月间，便有成千上万的花蝴蝶聚集在这里，构成一幅绚丽多彩的“万蝶图”。

五指石风景区还有一条“贵妃谷”，每到春暖花开时节，整条峡谷被各种奇花异草所覆盖。呈呈现一个极大而罕见的“天然花巷”美景。