巴夷亚联邦大学宗教博物馆系于1959年设立，博物馆的前身是圣达特里萨修道院和教堂，传说建堂经费都来自乞讨所得。修道院原为葡萄牙卡梅力达会负责管理，后因巴夷亚人民为争取巴夷亚独立，和葡萄牙人断交，而于1840年废置。之后，拉萨尔教派的神父接管修道院，1956年再度废置，二年后，巴夷亚联邦大学校长决定透过和萨尔瓦多教堂管理单位达成协议，在同一地点设立宗教博物馆。联大的宗教博物馆是认识葡萄牙文化对巴夷亚文化影响的重要机构，它亦拥有全巴西最丰富的宗教艺术馆藏，业已被列为国家级古迹接受保护。

因其建筑本身和拥有重要馆藏的缘故，博物馆的历史价值极高，使得它亦被评为拉美规模有数的宗教博物馆。博物馆的馆藏都是教堂和其它宗教机构捐赠得来的，其中包括阿果斯奇诺修士的作品、葡萄牙的木制外镶银箔马拉维亚斯圣母像、寮国人使用象牙雕成的基督像，以及高185公分的天使像等。另外还有多件18世纪的银器、家具和绘画。